تأسس نادي الجونة في الاول من يوليو من عام 2003 تحت نفس الاسم بفكرة من رجل الأعمال المشهور سميح ساويرس الذي جاءته الفكرة في شهر ابريل وابلغها لمساعده احمد الصحيفي. وخاطب الصحيفي وزارة الشباب والرياضة المصرية حتى حصل سميح ساويرس علي الموافقة رقم 79 بإنشاء نادي رياضي يحمل اسم الجونة. اخذ الفريق يتدرج في مسابقات الدوري المختلفة حتي جاء موسم 2008-2009 والذي تمكن فيه الجونة من الصعود للمرة الأولي في تاريخه الي الدوري المصري الممتاز تحت قيادة مديره الفني إسماعيل يوسف. وتصدر الجونة في هذا الموسم المجموعة الأولي لدوري القسم الثاني برصيد 64 نقطة بعد صراع شرس مع فريق مصر للمقاصة والذي انهي البطولة في المركز الثاني برصيد 61 نقطة